鉴定机构不是只能由法院指定。根据法律规定，当事人申请鉴定经法院同意后的，可以由双方当事人协商确定鉴定机构，如果协商不成的，再由法院指定。
相关法律可参考：
《民事诉讼证据规定》第二十六条 当事人申请鉴定经人民法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成的，由人民法院指定。
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